Le conseil d’établissement est l’organe principal qui règle les affaires de l’établissement. Il est compétent pour tout ce qui concerne les questions pédagogiques et éducatives (circulaire de l’AEFE du 23 septembre 2014).

• Il adopte le projet d’établissement, le règlement intérieur, les horaires et le calendrier de l’année scolaire, le plan annuel d’éducation à l’orientation et le plan de formation continue des personnels.
• Il émet un avis sur la carte des emplois, les structures pédagogiques, les activités de l’association sportive et des clubs, l’hygiène et la sécurité, l’accueil et l’information des parents, les voyages scolaires, l’organisation de la vie éducative, l’accueil des élèves en situation de handicap et la restauration scolaire.
• Il est informé du budget et du compte financier de l’établissement.

Instance tripartite, il réunit en nombre égal des représentants de l’administration, des représentants des personnels, et des représentants des parents d’élèves et des élèves. Au collège Saint-Exupéry : 4 représentants de l’administration, 4 représentants des personnels (3 enseignants et 1 administratif), 3 représentants des parents d’élèves et 1 représentant des élèves.

Le collège fait partie du groupement de gestion de Rabat-Kénitra, dont l’établissement principal est le lycée Descartes. Le conseil de groupement de gestion émet un avis sur la carte des emplois du groupement ; il est informé du budget et du compte financier, des travaux et du plan de formation des personnels.